Το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης λειτουργεί αυτόνομα από το ακαδημαϊκό έτος 1983-1984. Σκοπός του: η διδασκαλία και η έρευνα της εξέλιξης των ανθρωπίνων κοινωνιών με τις μεθόδους της ιστορίας και αρχαιολογίας. Στη διδασκαλία δύο από τις σημαντικές καινοτομίες που εισήγαγε το πρόγραμμα του Τμήματος ήταν η θέσπιση όλων των μαθημάτων ως υποχρεωτικών κατ’ επιλογή και η υποχρέωση των διδασκόντων να μην επαναλαμβάνουν ένα θέμα που δίδαξαν πριν την πάροδο δυο ετών εξασφαλίζοντας με τον τρόπο αυτό στους φοιτητές μεγάλη ποικιλία θεμάτων και πολλαπλές δυνατότητες επιλογών.

Για την απόκτηση πτυχίου του τμήματος, ο κάθε φοιτητής πρέπει να παρακολουθήσει με επιτυχία 52 μαθήματα εκ των οποίων τα 6 να είναι σεμινάρια και τα 4 ξένη γλώσσα. Όλα τα μαθήματα είναι υποχρεωτικής επιλογής. Στη δήλωση μαθημάτων οι φοιτητές υποχρεώνονται να δηλώσουν από 4 έως 8 μαθήματα Οι φοιτητές του τμήματος πρέπει να επιλέξουν στο Γ’ εξάμηνο την κατεύθυνση σπουδών που πρέπει να ακολουθήσουν : Α1 Ιστορία Αρχαία – Βυζαντινή, Α2 Ιστορία Νεότερη -  Σύγχρονη και  Β Αρχαιολογία και Ιστορία της Τέχνης.

Οι φοιτητές του τμήματος έχουν το δικαίωμα επιλογής μαθημάτων όχι μόνο από το τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας αλλά και από τα άλλα τμήμα της Φιλοσοφικής σχολής, τη Φιλολογία και το Φ.Κ.Σ.  Οι κατευθύνσεις σπουδών ακολουθούν το εξής πρόγραμμα :

 
ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ  Α1:
•    Αρχαία Ελληνική Θεματογραφία και Αρχαία Ελληνική Φιλολογία
•    Λατινικά
•    Παιδαγωγικά
•    Νεότερη Ελληνική Φιλολογία
•    Αρχαία Ιστορία
•    Βυζαντινή Ιστορία
•    Ιστορία Μέσων Χρόνων
•    Ιστορία Νεότερων Χρόνων
•    Τουρκολογία
•    Ελεύθερη επιλογή Ιστορίας
•    Αρχαιολογία
•    Ξένη Γλώσσα
•    Σεμινάρια


ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ  Α2 :
•    Νεότερη – Σύγχρονη Ιστορία
•    Αρχαία, Βυζαντινή και Μεσαιωνική Ιστορία
•    Τουρκολογία
•    Ελεύθερες Επιλογές Ιστορία
•    Ιστορία Τέχνης
•    Φιλοσοφία ή Κοινωνιολογία
•    Φιλολογία
•    Αρχαιολογία
•    Ελεύθερες Επιλογές
•    Σεμινάρια
•    Ξένη Γλώσσα
•    Παιδαγωγικά
•    Ξενόγλωσση Γραμματεία και Ορολογία




ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ Β :
•    Αρχαία Ελληνικά
•    Αρχαία Ελληνική / Βυζαντινή Φιλολογία
•    Λατινική Φιλολογία
•    Νεότερη Ελληνική Φιλολογία
•    Παιδαγωγικά
•    Αρχαία Ιστορία
•    Βυζαντινή ή Μεσαιωνική Ιστορία
•    Νεότερη Ιστορία
•    Ελεύθερη Επιλογή Ιστορίας
•    Προϊστορική, Κλασσική και Βυζαντινή
•    Ιστορία της τέχνης
•    Ελεύθερη επιλογή