Το Φρούριο - Φορτέτσα, στο λόφο
Παλαιόκαστρο. Χτίστηκε από τους Ενετούς μεταξύ 1573 και 1580 για να ενισχυθεί η άμυνα του σημαντικού γι' αυτούς λιμανιού. Έχει ισχυρά τείχη και τέσσερις προμαχώνες. Μέσα στο φρούριο υπήρχαν δημόσια κτίρια, στρατώνες, αποθήκες πυρομαχικών και στρατιωτικό νοσοκομείο. Σήμερα σώζονται μόνο τα αναστηλωμένα τείχη, οι δεξαμενές κι ένα τζαμί με μεγάλο θόλο, που ήταν αρχικά εκκλησία τσυ Αγίου Νικολάου.
Η Φορτέτσα έπεσε στα χέρια των Τούρκων το 1646.

Η Λότζα δεν έχει τη μεγαλοπρέπεια της αντίστοιχης του Ηρακλείου. Είναι ένα ωραίο, τετράγωνο βενετσιάνικο κτίριο του τέλους του 16ου ή των αρχών του 17ου αιώνα με τρία ημικυκλικά τόξα σε κάθε μια από τις τρεις πλευρές του, ενώ η τέταρτη, η νότια, δεν έχει άνοιγμα. Χρησίμευε σαν τόπος συγκέντρωσης και αναψυχής των ευγενών κατά την ενετοκρατία. Όταν οι Τούρκοι κατέλαβαν την πόλη, το μετέτρεψαν σε τζαμί και έκτισαν μιναρέ στη δυτική πλευρά του.

Η Κρήνη Ριμόντι (Rimondi): ενδιαφέρον βενετσιάνικο μνημείο, με το οποίο ο ρετούρης του Ρεθύμνου Ριμόντι στόλισε την πόλη το 1629. Έχει τέσσερις κομψούς κίονες με περίτεχνα κιονόκρανα που βαστάζουν επιστήλιο με λατινική επιγραφή. Το νερό της κρήνης ρέει από τρεις κρουνούς σε σχήμα κεφαλών και ανάμεσα στους δύο εσωτερικούς κίονες είναι λαξεμένο το έμβλημα των Ριμόντι.

Το Νομαρχιακό Μέγαρο: Διώροφο νεοκλασικό κτίριο στην πλατεία Ηρώων Πολυτεχνείου.

Τα Τζαμιά: Νερατζές (πρώην καθολική εκκλησία Σάντα Μαρία), Καρά Μούσα Πασά (πρώην βενετσιάνικη Μονή Αγίας Βαρβάρας, σήμερα έδρα της Εφορίας Βυ- ζαντινών Αρχαιοτήτων), Τζαμί Μεγάλης Πόρτας, Βέλη Πασά στη συνοικία Μασταμπάς.